Слово мукою может употребляться в 2-х разных значениях:
I. муко́ю — творительный падеж слова мука (молотое зерно)
В указанном выше варианте ударение следует ставить на слог с буквой О — мукОю.
II. му́кою — творительный падеж слова мука (страдание)
В слове «мукою» ударение падает на слог с буквой У — мУкою.