Слово полками может употребляться в 2-х разных значениях:
I. полка́ми — творительный падеж, множественное число слова полк
В слове «полками» ударение падает на слог с буквой А — полкАми.
II. по́лками — творительный падеж, множественное число слова полка
В слове «полками» ударение падает на слог с буквой О — пОлками.